La falta de instalaciones genera numerosos problemas al centro. En primer lugar, la ilegalidad de las dotaciones deportivas, ya que la legislación vigente señala que los centros de ESO dispondrán, como mínimo, de un gimnasio de 480 m2, incluyendo vestuarios, duchas y almacen. Eunate sólo dispone de 267 metros sumando los espacios mencionados. Por otra parte, el centro sufre un grave problema los días de lluvia, ya que sólo dispone de 170 m2 (los del gimnasio) para albergar en el recreo a los 270 alumnos. Es decir, cuenta con 0,63 m2 por alumno, cuando la legislación plantea 3 m2 por alumno.